Normalization: Bioconductor’s marray package

نویسندگان

  • Yee Hwa Yang
  • Sandrine Dudoit
چکیده

5 Normalization of Swirl zebrafish microarray data 5 5.1 Using simple function maNorm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 5.2 Using simple function maNormScale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 5.3 Using main function maNormMain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 5.4 Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

Bioconductor’s marray package: Plotting component

1 Overview This document provides a detailed discussion of the plotting functions in marray package, which is a packages for diagnostic plots of two-color spotted microarray data. This docuement provides functions for diagnostic plots of microarray spot statistics, such as boxplots, scatter–plots, and spatial color images. Examination of diagnostic plots of intensity data is important in order ...

متن کامل

Bioconductor’s snm package

3 Basic Usage 3 3.1 Input . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3.2 Output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.3 Single Channel Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3.4 Double Channel Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...

متن کامل

TurboNorm: A fast scatterplot smoother with applications for microarray normalization

This vignette show how piecewise constant P-splines [1] can be used for normalization of either singleor two-colour data. The pspline()-function can be used for two-colour data objects of type RGList and MarrayRaw from respectively from limma [2] and from the package marray . For single colour microarray data wrapper functions are writting based on the affy [3] functions normalize.loess() and n...

متن کامل

MArray: analysing single, replicated or reversed microarray experiments

UNLABELLED MArray is a Matlab toolbox with a graphical user interface that allows the user to analyse single or paired microarray datasets by direct input of the raw data output file from image analysis packages, such as QuantArray or GenePiX. The application provides simple procedures to manually evaluate the quality of each measurement, multiple approaches to both ratio normalization (simple ...

متن کامل

Runtime-Flexible Multi-dimensional Arrays and Views for C++98 and C++0x

Multi-dimensional arrays are among the most fundamental and most useful data structures of all. In C++, excellent template libraries exist for arrays whose dimension is fixed at runtime. Arrays whose dimension can change at runtime have been implemented in C. However, a generic object-oriented C++ implementation of runtime-flexible arrays has so far been missing. In this article, we discuss our...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

عنوان ژورنال:

دوره   شماره 

صفحات  -

تاریخ انتشار 2006